Zaváděné změny souvisejí se spuštěním výroby Amaroku Double Cab pro evropský a ruský trh v německé továrně v Hannoveru. Nejvýkonnější nabízený motor 2.0 BiTDI posílil ze 120 kW (163 k) na 132 kW (180 k), spotřeba by měla zůstat nezměněná. Balíček úsporných úprav BlueMotion Technology se nově dodává nejen pro verze s automatickou převodovkou, ale také pro vozy s ručním řazením. Úpravy zahrnují pneumatiky se sníženým valivým odporem, regenerativní brzdy a systém stop-start. Balíček BMT podle Volkswagenu uspoří až 0,5 l/100 km, základní Amarok 2.0 TDI 90 kW (122 k) s pohonem zadních kol tak může jezdit za 6,8 l/100 km.
Pro modelový rok 2013 se také zvýšila tažná kapacita – verze s manuální převodovkou nově utáhne rovné 3 tuny, zatímco s automatem 3,2 tuny. Přepracované čelo nákladového prostoru má zvýšenou nosnost 200 kg. Záruka na prorezavění karoserie se prodloužila na standardních 12 let. Změny ve výbavě zahrnují například standardně dodávaný parkovací asistent ParkPilot pro výbavové stupně Trendline a Highline, příplatkový balíček Light and Sight obsahující dešťový senzor, automatické ovládání světlometů s funkcí Follow Me Home a automatické stmívání zpětného zrcátka nebo mlhovky s funkcí přisvěcování do zatáček.
